新疆种植的药材很多，并且年降水量少，分布不均，北疆比南疆大，同时山地比平原多。全省有药用植物2014种，药材资源分布阿勒泰山区，位於新疆最北部，属欧亚草原的一部分，这里的气温较低，降水较多，山地植被呈垂直状分布。
新疆分布的药材主要有伊贝母、芦根、甘草、紫草、雪莲花、新疆党参、杏仁、马鹿茸、石膏等，并且非常适合赤芍、麻黄、伊贝母、阿里红、新疆冬虫夏草、马鹿茸、五灵脂、云母的生长。
紫菀
紫菀是一年生草本，根状茎短，簇生多数细根，外皮灰褐色，紫菀是大宗类中药材品种之一。其根茎具有很好的药用价值，具有治风寒咳嗽气喘，虚劳咳吐脓血之功效。且因其价格近年较平稳，采收后销路通畅。
北柴胡
北柴胡属多年生本草植物，按性状不同，分别习称北柴胡、南柴胡和大叶柴胡。柴胡是常用解表药，以干燥的根入药，有和解表里、疏肝升阳之功效。
夏枯草
夏枯草又叫做麦穗夏枯草、铁线夏枯草等，为多年生草本植物，因其夏至过后就会立刻干枯而得名。将干燥的果穗入药，具有清肝泻火、明目、散结消肿的功效。是我国多种畅销保健饮品的重要原材料，市场用量巨大。
酸枣仁
酸枣仁为植物酸枣的成熟种子，大多数是野生的，有很好的镇静、催眠作用。主要有宁心、安神、养肝、敛汗的功效，深受广大医生、患者喜用。
全国各地的酸枣仁均为野生的，因为它们一般都生长于山区，有采摘分散量小、产量低、采摘因难等特点。
苦豆子
苦豆子是比较常见的药用植物，且有较高的药用价值和生态功能，是制造医药、兽药、绿色农药、绿肥和保健药品的重要原料。
长期以来全国都以野生采收为主，目前市场对苦豆子需求量巨大，远远满足不了国内外，苦豆子加工企业原料缺口。
