一、提高苗种成活率
1、虾苗：使用光合细菌的虾苗，成活率能达到75%左右，施药时可用12500倍液进行全池泼洒，也可将药物混合在蛋黄中饲养。
2、泥鳅：泥鳅从孵化到捕食轮虫时期，这个阶段的死亡率可高达90%以上，如果使用光合细菌作为开口饵料，其成活率可高达60%左右。
二、作为幼体饵料
1、光合细菌药物含有丰富的营养成分，其中粗蛋白质含量就高达57.9％，而质量和酵母蛋白相同，还含有16种氨基酸，含有7.91％粗脂肪，含20.83％可溶性糖类。
2、由于光合细菌的菌体较小，因此可用于鱼虾类幼体的开口饵料，对刚出生不久的鱼仔和泥鳅等，用光合细菌直接进行投喂，其成活率可高达60％以上。
三、改善鱼塘水质
光合细菌具有很多作用，如固碳、固氮、氧化硫化物和加快有机物完全分解等，通过吸收利用氨氮、硫化氢、亚硝酸盐等有毒物质，能加快有机物的循环，从而使水质更加清澈，可让鱼虾类摄食旺盛，促进其健康生长。
四、防治各类疾病
1、光合细菌属于水产养殖中的有益微生物，除了用于鱼和虾的营养添加剂外，还能防治病毒、细菌和真菌引起的有关疾病。
2、光合细菌对于治疗对虾烂鳃病、红腿病，还有鱼类夜盲症等症状药效较佳，光合细菌还含有抗病毒成分，能有降低病毒的传播。
五、光合细菌的使用方法
1、可用于幼苗的开口饵料和添加剂，种苗放养时可用液体菌液或浓缩液进行全池泼洒，用作开口饵料时，用量为10000-12500倍液左右，用作饵料添加剂时，用量为5000-10000倍液左右，可每隔2-3天喂食1次。
2、用于饲料添加剂成鱼养殖时，一般添加量为饲料的0.5-1.5%，期间可稀释50-80倍液混合饵料进行喂食。
3、用于育苗和水质改良剂时，可用10-20万倍液进行全池泼洒，每隔2-3天泼洒1次。
