比粪肥更无害：粪肥含盐分较多、带有大量病菌、养分含量不稳定且可能含有有害物质。
改良土壤效果更迅速：商品有机肥具有洁净性和完熟性两大特点，可以很好的控制氧气和发酵温度。
养分配比更合理：商品有机肥的养分可可针对不同的土壤情况进行调整。
一、商品有机肥的优点
1、商品有机肥比粪肥“无害”
（1）两种肥料的区别重点在于“腐熟”和“无害”。
（2）与商品有机肥相比，粪肥存在许多缺陷：一是含盐分较多，容易使土壤盐化。二是粪肥带有大量的病菌、虫卵，引发棚室内的病虫草害；三是粪肥养分含量不稳定，不可做到合理补肥。四是粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。
2、商品有机肥改良土壤效果更迅速
（1）若是土壤出现了不良状况，使用商品有机肥改良比粪肥更加快速，这是由于商品有机肥具有洁净性和完熟性两大特点。
（2）商品有机肥在制作过程中不仅进行高温杀虫，通过微生物完全发酵，并且非常好地控制氧气和发酵温度，使有机物质分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留。使用后不会产生对蔬菜有影响的物质。
3、商品有机肥的养分配比更合理
商品有机肥中的各类养分是可调整的，可以针对不同的土壤状况使用不同养分含量的产品。
二、商品有机肥与粪肥的不同点
1、商品有机肥和粪肥同样可以补充有机质，促进团粒结构的形成。
2、但从生产无公害蔬菜和蔬菜的可持续发展方面来讲，商品有机肥更有优势。这是由于商品有机肥与粪肥有非常多不同之处。
三、使用有机肥的三个原则
1、选择优质的有机肥
（1）目前施商品有机肥的越来越多，但商品有机肥质量普遍较低，有些甚至掺杂了城市污泥、生活垃圾等，根本就达不到有机质含量的标准。
（2）即使是一些买来的鸡粪，也有不少掺杂了泥土。因此，生产中一定要积造和选用优质、无污染的有机肥，并经腐熟。如果需要购买商品有机肥，应选用正规大厂家生产的。
2、严格控制施肥量
通常情况下，每亩每季菜地的控制量为纯鸡粪1500～2000千克或优质饼肥50～100千克，腐熟的优质人畜粪或土杂肥3500～4000千克。果实类和块茎类蔬菜作物需肥量较大，可取其上限；而绿叶菜类作物需肥量相对较小，可取其下限。
3、搭配生物肥施用
（1）生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机物的分解，使其更有助于作物吸收，同时能将有机肥中的一些有害物质分解转化，防止其对作物造成伤害。
（2）通常在基施有机肥时，可每亩地搭配施入生物肥150～200千克；作追施时，可每亩每次配合施入生物肥20～25千克。
