使用复合微生物肥料时要注意不能与杀菌剂、除草剂混用，使用前应充分摇匀。
复合微生物肥料通常都用作追肥，可以和化肥交替使用，使用时最好在雨后或灌溉后施用，保存时应置于阴凉干燥处，切忌进水。
使用微生物肥料不仅可以增加土壤肥力，还能产生植物类物质刺激作物生长，对有害微生物还能起到一定的防治作用。
一、使用复合微生物肥料要注意什么
1、复合微生物肥料适用于追肥，以淋根的方法来施用，可与化肥交替使用。使用时根据不同的作物和作物的不同时期定使用量。
2、复合微生物肥料不可与杀菌剂、除草剂混用，并且前后必须要间隔7天以上施用。
3、复合微生物肥尽可能在雨后或灌溉后施用，肥料用前要充分摇匀，现配现用。
4、复合微生物肥料保存时切忌进水，保存于阴凉干燥处，并不宜直接在地面存放。
二、微生物肥料有何特点及作用
1、特点
（1）微生物肥料是由一种或数种有益微生物、经工业化培养发酵而成的生物性肥料，一般把微生物肥料分为以下两类。
（2）一类是通过其中所含微生物的生命活动，增加了植物营养元素的供应量，导致植物营养状况的改善，进而增加产量，其代表品种是菌肥。
（2）另一类是广义的微生物肥料，虽然也是通过其所含的微生物生命活动作用使作物增产，但它不仅于提高植物营养元素的供应水平，还包含了它们所产生的次生代谢物质，如类物质对植物的刺激作用，促进植物对营养元素的吸收利用，或者可以抵抗某些病原微生物的致病作用，减轻病虫害，从而提高农作物产量和品质。
2、作用
（1）增加土壤肥力，这是微生物肥料的主要功效之一。如各种自生、联合、共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源；多种解磷、解钾微生物的应用，可以将士壤中难溶的磷、钾分解出来，从而能为作物吸收利用。
（2）产生植物类物质刺激作物生长。许多用作微生物肥料的微生物还可产生植物类物质，能刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善
（3）对有害微生物起到生物防治作用。因为在作物根部接种微生物，微生物在作物根部大量生长繁殖，形成作物根际的优势菌，限制了其他病原微生物的繁殖机会。同时，有的微生物对病原微生物还具有抵抗作用，起到了减轻作物病害的功效。
（4）肥料中的有益微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，抑制其他有害微生物的生长繁殖，甚至对部分有害病原菌产生拮抗作用，减少了有害微生物的危害机会。
（5）有益微生物在生长繁殖过程中向作物根际土壤微生态系统内分泌各种代谢产物，这些代谢产物可以刺激作物生长，提高作物抵抗不良环境的能力。
（6）在植物受到病害、冻害、干旱、衰老等逆境时，施用微生物肥料的，其所含的菌种能诱导作物产生超氧化物歧化酶，因逆境而产生的自由基，从而提高作物的抗逆性，减轻病害。
