微量元素可以根据营养元素、养分组成、化合物类型划分。
元素种类：可分为钼肥、硼肥、锰肥、锌肥、铜肥、铁肥等。
养分组成：可分为单质微量元素肥料、复合微量元素肥料、混合微量元素肥料。
化合物类型：可分为易溶性无机盐、难熔性无机盐、玻璃肥料、螯合物肥料、含微量元素的工业废渣。
一、微量元素肥料的种类
1、按元素区分
有钼肥、硼肥、锰肥、锌肥、铜肥、铁肥等。硼和钼常为阴离子，即硼酸盐或钼酸盐；其它元素为阳离子，常用的是硫酸盐（如硫酸锌、硫酸锰等）。
（1）硼肥：硼砂、硼酸、硼泥（硼渣）、硼镁肥、硼镁磷肥、含硼过磷酸钙、含硼硝酸钙、含硼碳酸钙、含硼石膏、含硼玻璃肥料、含硼矿物、含硼粘土。
（2）钼肥：钼酸铵、钼酸钠、含钼矿渣、三氧化钼、含钼过磷酸钙。
（3）锌肥：七水硫酸锌、氯化锌、氧化锌、螯合态锌、碳酸锌、硫化锌、磷酸铵锌。
（4）锰肥：硫酸锰、氯化锰、碳酸锰、含锰玻璃、氧化锰、含锰过磷酸钙、磷酸铵盐，锰渣。
（5）铜肥：五水硫酸铜、一水硫酸铜、螯合态铜、含铜矿渣、碳酸铜、氧化铜、氧化亚铜、硫化铜、磷酸铵铜。
（6）铁肥：硫酸亚铁、硫酸亚铁铵、螯合态铁、硫酸铁、磷酸铵铁。
（7）氯肥：氯化钙、氯化铵、氯化钾。
2、按养分组成划分
（1）单质微量元素肥料。这类肥料一般只含一种为作物所需要的微量元素，如硫酸锌、氯化锌硫酸锰等即属此类，而肥料中所含的其它成分则不一定为作物所必需，或不是靠其为主要给源。这类肥料多为盐类，如为硼酸、钼酸、硫酸和氯等的化合物，多数能溶解于水。故既可作基肥、浸根、沾根、拌种，又可作追肥，还可作叶面喷施。作物施用，不受其它养分牵制，非常方便。
（2）复合微量元素肥料。这一类肥料多是作制造肥料时加入一种或多种微量元素而制成,它包括大量或常用元素与微量元素以及微量元素与微量元素的复合。例如，以氮磷复合肥料加微量元素所制成的复合肥料即属此类，常用的有磷酸铵锌、磷酸铵锰、磷酸铵铁、磷酸铵铜等。因此，这类肥料除含有微量元素之外，还含有作物所需要的氨、磷等常量元素，多为两种以上营养元素的化合物。这类肥料养分之间的比例比较固定，一次施用能同时补给几种养分，比较方便，但难以做到因地制宜、经济合理的施用，往往容易出现这一种元素满足了，而另一种元素可能又不能满足或不需要，这是推广使用中值得注意的问题。
（3）混合微量元素肥料。这类肥料是在制造或施用时，将各种单质肥料按其需要混合而成，当然它也包括了微量元素肥料与常量元素肥料，以及微量元素肥料与微量元素肥料的混合，例如，硫酸氨与硫酸锌的混合和硫酸锌与硫酸锰、硫酸铜的混合等。它的优点是组成灵活，肥分较多或全；可以解决单质微量元素肥料因其施用量小，而不易施匀的技术问题。目前，国外多在配肥站按用户的需求进行混合。另外，有的把单质微量元素肥料与腐植酸类物料如泥炭、褐煤等混合施用，可以起到 有机、无机配合的作用，在园艺作物和蔬菜作物上效果较好。但混合须依不致降低其营养元素的肥效或有效性为准。
3、按化合物类型划分
（1）易溶性无机盐。这类微肥多数为硫酸盐、氯化物和硝酸盐等无机盐类。但也不全是如此，例如硼肥为硼酸和硼酸盐，而钼肥则为钼酸盐等。这类微肥易溶于水，肥效快，施用灵活性大，既可作基肥、根肥（沾根、浸根）、种肥（拌种），又可作追肥，还可作叶面喷施。
（2）难熔性无机盐。这类微肥多为磷酸盐、碳酸盐类物质，其中最常见的如磷酸铵锌、磷酸铵锰、磷酸铵铜、碳酸锌和碳酸锰等，它也包括一部分微量元素的氧化物和硫化物，如氧化锌、氧化锰、氧化铜、氧化亚铜（Cu2O）、氧化亚铁（FeO）和硫化锌、硫化铜等。这类物质的溶解度小，肥效缓慢，一般只宜作底肥施用。
（3）玻璃肥料。这类微肥多是含有微量元素的硅酸盐粉末，经高温熔融或烧结而呈玻璃状的物质，如冶炼厂的炉渣等，它们一般含二氧化硅（SiO2）50％以上。常见的玻璃肥料有含硼玻璃肥料和含锰玻璃肥料。这类微肥溶解度极底，肥效特别迟缓，一般也只能作底肥或基肥施用。但由于它们的碱性较强，所以又是改良酸性土壤的好肥料，但如用作种肥时，应切忌与种子直接接触，以免引起烧芽。
（4）螯合物肥料。这类微肥是天然的或人工合成的具有螯合作用的化合物，与微量元素（硼、钼除外）螯合而生成螯合物。如螯合锌、螯合锰、螯合铁等，均是含微量元素的螯合物肥料。另外，也有用腐殖酸肥料与微量元素与微量金属营养元素螯合，制成螯合物肥料，供农业生产中使用。这类肥料一般宜作底肥或基肥。
（5）含微量元素的工业废渣。如冶炼的炉渣、化工的废渣、电力工业的炉灰、水泥窑灰和选矿砂等废弃物。它们往往含有一定数量的多种微量元素，或作为制造微量元素肥料的原料，或直接作为微量元素肥料使用。但这些废渣的组成成分复杂，其微量元素的含量很不固定，并且还可能含有多种有毒杂质，因此，要在严格分析其成分和进行试验之后才能使用。它们一般都是缓效性肥料，仅宜作底肥、基肥或种肥施入土壤中。
二、怎么使用微量元素肥料
1、严格控制施用量
（1）微肥用量过大对作物会产生毒害作用,而且还可能污染环境和危害人、畜健康。
（2）因此要严格控制微肥用量,力求施用均匀。通常微肥可与氮、磷、钾肥拌匀后施用,防止局部浓度过高的危害。
（3）根外喷施微肥时,浓度要适宜,不能随便增加用量或提高浓度,如确实需要高浓度时,以不超过规定浓度的20%为限。以免造成毒害作用。
2、搭配增施有机肥料
（1）增施有机肥料能大大提高施用微肥的效果,由于增施有机肥料既能增加土壤的有机酸,使微量元素呈可利用状态,同时又在微肥过量时,能缓解微肥毒性。
（2）况且有机肥本身就含有数量较多、种类齐全的微量元素。在微肥缺乏地区尤要注意加大有机肥料的施用量。
3、搭配施用氮、磷、钾等大量元素
（1）虽然微量元素和氮、磷、钾三要素都是同等重要和不能代替的营养元素,但在农业生产中还是应首先满足作物对大量元素的需要,只有在施足大量元素的基础上,微量元素的效果才可以充分发挥出来。
（2）如果忽视了大量元素肥料的施用,一味依靠微肥发挥作用是不科学的。微肥必须在氮、磷、钾等大量元素满足的重要条件下,才会表现出明显的促熟增产作用。
（3）如微量元素充足,而大量元素保持常量,则大量元素将成为促熟增产的限制因素。
