1、新植蔗防治
(1)更换良种，选育抗病品种。如粤糖57/423、粤糖63/237、新台16号、新台糖25号等。
(2)种植时应进行严格种苗消毒处理。种苗消毒用52℃热水浸种18～30分钟，加入25％三唑酮可湿性粉剂或80％喷克可湿性粉剂500倍液效果更好。也可用1：100的43％福尔马林液浸种5分钟，然后用薄膜覆盖闷种2小时。或70％代森锰锌可湿性粉剂1：500倍浸种5～7分钟。也可用3％石灰水浸种24小时。
(3)留梢头秧作种苗(生长点下一公尺，蔗叶包裹着的部份)。一般种秋植蔗，秧苞可整株作种苗，种春植蔗秧苞，必须选梢头秧作种苗。
(4)实行脱毒处理，建立良种繁殖基地。
(5)有条件的进行轮作。最好是水、旱轮作，与水稻、玉米、甘薯、花生等作物轮作。
2、宿根蔗防治
(1)留宿根的应低砍，最好留从土壤中生长出的低位芽，严禁留高位芽，以减少黑穗病病菌感染。
(2)上茬甘蔗收获后，及时烧毁蔗叶，减少病菌孢子寄生和传播。
(3)发现病株，及时铲除，并集中烧毁。最好是在抽出黑穗前拔除病株。抽出黑鞭的要小心剪下放在塑料袋内，带出田外集中烧毁。病田不留宿根，病株残茬也要烧毁。
(4)及时进行中耕管理，做到早松蔸、早放水，早追肥，早除草和早培土，使其生长健壮，增强植株自身的抗病力。
