据分析，引起仔猪发生消化道综合征的病因众多，包括细菌性腹泻因素，如仔猪红痢、仔猪黄痢、仔猪白痢等；病毒性腹泻因素，如猪流行性腹泻、传染性胃肠炎、猪轮状病毒病等；寄生虫性腹泻因素以及仔猪饲料蛋白、粗纤维含量过高，营养元素缺乏，应激等非疾病性腹泻因素。
仔猪一旦发生消化道综合征，其胃肠道必会遭受到不同程度地损害，即使经过治疗痊愈，胃肠道功能也难以恢复正常，即会直接影响机体对营养物质的消化吸收，从而引起饲料报酬与增重不同程度地下降。因此，要有效地防范仔猪消化道综合征的发生，务必在坚持防重于治原则的基础上，采取一系列的综合性防控措施。
1.搞好预防接种。怀孕母猪在产前21天左右注射1次仔猪黄白痢疫苗，仔猪出生12天口服多价幼畜腹泻停。除此之外，养猪场户还应根据当地仔猪疫病的发生情况，有选择性地给仔猪注射魏氏梭菌病、猪流行性腹泻、猪传染性胃肠炎以及猪轮状病毒病等病的疫苗，以增强仔猪的免疫力。
2.搞好环境卫生。养猪场户应建立严格而完善的消毒制度，定期对环境、栏舍及其用具等进行消毒，定期对母猪乳房部位进行清洗消毒，特别是仔猪在第一次吸吮母乳前可用0.1%的高锰酸钾溶液对母猪的乳头和腹部进行清洗并消毒。
3.减少仔猪应激反应。冬春季节应注意做好仔猪的防寒保暖，夏秋季节应注意做好仔猪的防暑降温；更换饲喂仔猪的饲料要循序渐进地进行；饲喂仔猪的饲料要做到定时定量，切忌饲喂仔猪的饲料忽多忽少，禁止给仔猪饲喂发霉变质饲料、冰冻饲料以及未经煮熟的豆制品等饲料。
4.供给充足而清洁的饮水。出生3日龄后的仔猪，因哺乳母猪的乳汁较稠，其母乳中的水分难以满足哺乳仔猪生长发育的需求，所以，养猪场（户）必须随时供给哺乳仔猪充足而清洁的饮水。
5.加强营养。对妊娠母猪的喂养应尽可能饲喂配合饲料，同时，对妊娠母猪要保持青饲料的平衡供应，以保证饲料中的营养平衡，防止维生素A、维生素D、维生素C、维生素E以及微量元素和矿物质的缺乏，以保证胎儿的正常生长发育。
6.有针对性地添加中草药饲料添加剂。如艾蒿、鱼腥草、蒲公英、车前草、辣蓼等，具有抗菌、消炎、调节脏腑机能、增进食欲等多种功效，如将其进行适当地加工，有针对性地作为饲料添加剂适量地添加到哺乳母猪和仔猪的饲料中，即可有效地防止仔猪消化道综合征。
7.适当地降低仔猪饲料中的蛋白质水平。为了使仔猪在断奶前胃肠消化机能得到加强和健全，以适应断奶后采食饲料，尤其是采食植物性饲料的需要，一般仔猪在7日龄左右，即可开始进行补喂全价饲料训练，以使其仔猪逐步建立对饲料中粗蛋白的免疫耐受性，减少日粮抗原过敏反应。与此同时，在保证仔猪生长发育所必需氨基酸的条件下，饲喂仔猪饲料中的蛋白质水平不可过高，其粗蛋白质含量应控制在19%以下，这样既可减少日粮抗原性过敏反应，也可减少因肠内蛋白质消化不良而造成的腐败并导致仔猪消化道综合征发生。
8.调理胃肠功能。在断奶前后的仔猪饲料中适当地补充矿物质、维生素、微量元素、有机酸、复合酶制剂和微生态制剂等给仔猪饲喂，即可有效预防和降低仔猪消化道综合征的发生。
