鸽子胚胎死亡率较高的原因分为外部原因和生理原因两种。其中外部原因包括亲鸽弃巢、亲鸽受惊、虫兽害、巢箱结构不合理、消毒剂和杀虫剂危害等。生理原因包括亲鸽老、弱、病、品种及近交、病变、蛋滞留于输卵管内、蛋壳异常等。虱、蝇、蚊子、老鼠等会危害鸽子种蛋，一些甲虫的幼虫会钻人刚啄破的蛋壳中吸食雏鸽。
一、外部原因
1、弃巢
孵蛋时亲鸽弃巢，造成胚胎死亡，这可发生于孵化任何阶段。24-36小时内将被抛弃的胚蛋转移继养，可使蛋获救。
2、受惊
清扫鸽舍时使亲鸽受惊离巢，造成胚胎死亡。
3、虫兽害
虱、蝇、蚊子、臭虫、老鼠等危害种蛋，一些甲虫的幼虫会钻人刚啄破的蛋壳中吸食雏鸽血或直接以雏鸽为食。
4、巢箱结构不合理
巢箱的构造以杯形为宜，使孵化中的蛋不致滚离亲鸽腹下。
5、消毒剂、杀虫剂
消毒剂、杀虫剂进入蛋壳会杀死胚胎。喷洒消毒剂时应尽可能将蛋遮盖。
二、生理原因
1、亲鸽老、弱、病
老、弱、病亲鸽，胚胎死亡率较高，如老鸽和病鸽其肛蛋死亡率高。
2、品种及近交
某些品种或品系，遗传原因会导致胚胎死亡率高。
3、病变
缺碘可引起甲状腺肿，进而导致雏鸽体弱或死于啄壳时。感染鼠伤寒沙门氏菌的胚胎常在孵化最后几天死于壳内。胚胎感染了细菌或其它疾病后会死亡。
4、蛋滞留于输卵管内
出现蛋在输卵管内停留时间过长的情况后，蛋会缺氧，进而造成胚胎死亡。母鸽在产蛋时受惊、输卵管畸形、内分泌腺功能失调等，都可延长蛋在输卵管的停留时间。
5、蛋壳异常
蛋壳正常与否对胚胎发育有很大影响，薄壳蛋在孵化中比厚壳蛋的胚胎死亡率高。可将厚壳蛋浸泡在水中，软化蛋壳，使雏鸽容易出壳。
6、胎位不正
胚胎位置不正，雏鸽不能出壳，这种情况在双胎蛋中特别多。单胎蛋的胎位不正常发生于长而窄的蛋，或雏鸽在蛋小头啄壳时。
