鳄鱼真的会流眼泪，只不过那并不是因为它伤心，长期以来人们认为鳄鱼这是在排泄体内多余的盐分。海龟、海蛇、海蜥等一些海洋爬行动物和一些海鸟身上，都有盐腺长在眼眶附近。盐腺使这些动物能将海水中多余的盐分去掉，从而得到淡水。所以，盐腺是它们天然的“海水淡化器”。所以人们认为鳄鱼流泪也是这个原因。鳄鱼肾脏的排泄功能很不完善，体内多余的盐分，要靠一种特殊的盐腺来排泄。鳄鱼的盐腺正好位于眼睛附近。
但这只是猜测。到了1970年，才有生物学家去检测鳄鱼眼泪的成分，发现湾鳄鱼在海水中生活一段时间后，其眼泪的含盐量有所增加。这似乎证明了鳄鱼的眼眶有和海龟一样的盐腺，于是被写入动物学专著和教科书。但是另一方面，这个实验表明，鳄鱼眼泪的含盐量比海龟、海蛇等海洋爬行类的盐腺分泌物的含盐量明显要低，说明鳄鱼的代谢功能远比其他动物完善，因此也有生物学家（包括做这个实验的人）认为，否定不了鳄鱼眼眶有盐腺的假说。
这场争论在1981年结束。那一年，澳大利亚悉尼大学的塔普林（Laurence E. Taplin）和格里格（Gordon C. Grigg）注意到，湾鳄的舌头表面会流出一种清澈的液体，他们怀疑这才是鳄鱼盐腺的分泌物。但是液体分泌的速度太慢，无法收集进行分析。他们给鳄鱼注射盐水刺激盐腺分泌，也不成功。最后，他们采用的办法是给鳄鱼注射氯醋甲胆碱——以前的实验已表明，给其他海洋爬行动物注射氯醋甲胆碱能刺激盐腺的分泌。鳄鱼舌头上果然不停地分泌出液体，能够用针筒收集来分析钠、氯、钾离子的含量并测定渗透压。他们同时也搜集了鳄鱼的眼泪作为比较。结果发现，这些分泌液的盐分比血盐浓度高得多，大约是其3～6倍，渗透压则是血液渗透压的3.5倍，和海水的渗透压相当。而眼泪的盐分虽然也升高了，但只是血盐浓度的2倍左右。随后，他们对鳄鱼舌头做了解剖，在舌头的黏膜上发现了盐腺，其构造和其他海洋爬行动物的盐腺，特别是海蛇舌下的盐腺很相似。此后，其他人的研究也都证实了这个发现。
如此看来，鳄鱼是通过舌上分泌液而不是眼泪来排泄盐分的。那么，鳄鱼的眼泪起什么作用呢？鳄鱼通常是在陆地上待了较长时间后才开始分泌眼泪，是从瞬膜后面分泌出来的。瞬膜是一层透明的眼睑，鳄鱼潜入水中的时候，闭上瞬膜，既可以看清水下的情况，又可以保护眼睛。瞬膜的另一个作用是滋润眼睛，这就需要用到眼泪来润滑。
鳄鱼吃东西的时候是不是真的会流泪。佛罗里达大学的动物学家肯特·弗列特（Kent Vliet）2007年在鳄鱼饲养场观察、拍摄了4头凯门鳄、3头短吻鳄在陆上进食的情况，发现其中的5头的确会边吃边流泪，有的甚至眼睛会冒泡沫。它们吃的是像狗食一样的加工食品，当然犯不着为这些食物哭泣。弗列特推测，这是因为鳄鱼进食时伴随着吹气，压迫鼻窦中的空气和眼泪混合在一起流出来。
鳄鱼流泪是在排盐的仍在教科书、科普读物、知识竞赛中的理由还是很科学严谨的。
