中华鲟养殖用的饲料分为天然饵料和配合饲料，有几种采用不同饲料的养殖方式：一种是从幼鱼到成鱼都用天然饵料饲养；另一种是在稚、幼鱼阶段用天然饵料饲养，养殖至一定大小后转食配合饲料；还有一种是把配合饲料与天然饵料混合使用，相互补充，以充分利用当地资源，降低生产成本。选择哪种方式养殖必须根据当地的饲料条件，因地制宜，其中第二种方式由于适用地区广和适应于规模化生产，被大多数养殖企业所采用。
①天然饵料。野生的中华鲟以水生寡毛类、水生昆虫幼虫、浮游生物、沙蚕、小鱼、虾、蟹、蚬等为食。天然饵料就是这类动物的鲜活品或冷冻品。天然饵料的优点是适口性、诱食性强，营养丰富全面，活饲料在水中能长期存活，不污染水质，在有的地区价格低廉。缺点是来源不稳定，不易贮存，品质不一，由于含水量高，成鱼养殖饲料系数高，用量大。
②配合饲料。配合饲料是将多种饲料原料根据其蛋白质等主要营养成分的含量和鱼类对营养的要求进行混合，并补充一些不足的成分，如维生素、矿物质和某些氨基酸等，通过一定的加工工艺生产的人工饲料。中华鲟是口下位的底栖性鱼类，适合其使用的是沉性饲料。根据饲料加工的形态不同可分为软颗粒饲料、半湿性颗粒饲料和硬颗粒饲料。此外根据中华鲟不同生长发育阶段的营养需求和摄食特性及饲料粒径又可将饲料分为开口饲料、稚鲟饲料、幼鲟饲料、成鲟饲料等。
随着中华鲟养殖日趋规模化和集约化，使用配合饲料有很多好处：一是配合饲料所含营养比较全面，能满足不同阶段鱼生长发育的需要；二是配合饲料含的干物质充足，仅需较低投喂率即能达到较高的生长速度；三是通过加工能减少饲料营养成分在水中的散失，提高饲料利用率，降低饲料系数；四是饲料原料不受季节限制，可长期大量提供，并便于运输和贮藏；五是经济效益高。全面权衡，配合饲料增重率比天然饵料高，成本比天然饵料低。因此在一定生产规模的情况下,使用配合饲料是经济而科学的。
