补充养分：化肥主要补充氮、磷、钾等营养元素，而有机肥除补充氮、磷、钾以外，还可以补充中微量元素。
改善土壤性状：增施有机肥可以有效改善土壤物理性状及结构，增加土壤胶体的数量及品质，提高土壤的保肥供肥能力。
一、水稻增施有机肥的原因
1、稻田连年种植，每年不但要从土壤中吸收走大量的氮、磷、钾元素和一定量的钙、镁、硫、铁等元素，而且还要吸收少许的氯、锌、锰、硼、铜、钼等微量元素，大量的多种营养元素被吸收，还有一部分被淋溶损失，仅靠无机肥料补充远远不可满足水稻生产需要，必须实行有机肥料和无机肥料搭配施用。
2、施用有机肥料，不仅可直接为水稻提供各种丰富的养分，而且还能在土壤微生物对有机物质的分解过程中，使一部分有机质起腐殖化作用，合成土壤腐殖质，这对改善土壤物理性和结构，增加土壤胶体的数量与品质，提高土壤保肥供肥能力方面有非常大效果。
二、水稻增施有机肥的好处
1、有机肥原料来源广，可以就地取材，就地积制，只花工夫，不需投入多少资金，可节省化肥，降低生产成本。
2、有机肥含有多种营养元素，除含氮、磷、钾等大量元素外，还含有许多作物所需的中量元素和微量元素，能给水稻提供的所需营养，特别是提供微量元素营养。同时能提高稻米的品质和适口性。
3、有机肥含有机质和腐殖质，能改良土壤结构，协调土壤的水、肥、气、热，增强土壤的通气透水能力和保肥、保水、供肥、供水能力。
4、有机肥含有生长素、维生素、胡敏酸和氨基酸等有机物质，对水稻营养生理和生物化学过程能起特殊作用，还能提供二氧化碳气体供水稻光合作用之用。
5、有机肥缓冲性大，可缓和土壤酸碱性变化，可或减轻盐碱类土壤对水稻的危害。
6、有机肥适用性广，对各类土壤及各种农作物都适用。
