水稻田间发生赤枯病后，应根据症状特点判断类型，有针对性地采取措施。缺磷型下部叶叶色变暗绿色。缺钾型与缺锌型症状有明显差异，一是发病部位起点不同，缺钾症状是从中下部叶片尖端开始，缺锌症状为新生叶和中下部叶都出现症状；二是发展不一样，缺钾症状赤褐色斑点沿叶缘发展，缺锌症状棕色斑点沿叶片中脉发展，而且叶尖内卷。中毒型症状主要从根系和土壤来判断，拔秧苗时带土少，洗去泥土后黑根多，新白根少甚至没有，闻根系有一股臭味；土壤踩下去冒泡，有一股臭味。
对缺磷缺钾型赤枯病，应增施磷钾肥。对缺锌型可喷施0.2%～0.3%硫酸锌溶液，或排水至田间只剩薄层水时每亩撒施硫酸锌1公斤、尿素5～10公斤，水自然落干，待新根长出、叶片转绿、根系转白时再上水。中毒型赤枯病一般伴随着缺锌症状，应在普施锌肥的基础上，持续断水5～7天，改善土壤环境，促进新根发生。
赤枯病对水稻生长影响较大，生产上应采取以下措施预防。
一是测土配方施肥。缺锌土壤每亩用硫酸锌1公斤与尿素15～20公斤拌匀，作分蘖肥施用（移栽稻在栽后5～7天施用，直播稻在4叶期施用，锌肥最好不要与磷肥同时施用）。根据土壤速效磷含量合理施用磷肥，减少磷锌拮抗效应。
二是加强水浆管理。机插稻和手栽稻浅水插秧，寸水活棵，插秧3～4天后落干通气1～2天，上水施分蘖肥，整个生长期间每次灌水后田间落干1～2天，提高土壤有机物和秸秆的有氧分解，减少有毒还原性物质的产生，促进根系生长。水稻在3叶期前没有形成通气组织，根系生长所需要的氧气由土壤提供，因此直播稻在3叶期前不建立水层，4叶期开始建立水层，但每次灌寸水后，落干1～2天再灌新水。
三是遇连续阴雨天气，田间水层要浅，梅雨季节出水口设平水缺，水层保持时间不能太长，4～5天要断水一次，雨后及时排掉温度较低的雨水，透气2～3天后换温度较高的河水。
四是提高秸秆还田质量。用粉碎秸秆质量好的收割机收割前茬，用大型机械耕翻，上水后耙好田，将秸秆翻入土中，间歇灌溉，促进秸秆有氧分解，减少还原性有毒物质的产生。
五是推广钵型摆栽、钵型毯状秧。使用毯状机插秧机插，秧苗根系植伤大，缓苗期长，新生根出现慢，出现赤枯病概率大。推广钵型摆栽、钵型毯状秧，可使根系植伤小，缓苗期短，活棵后及时落干，秧苗生长壮，减少赤枯病发生概率。
