芝麻倒伏主要原因是品种本身的抗倒性差。有些品种植株较高、茎秆的纤维组织柔弱，具有耐瘠薄的特性，如种到高肥水的条件下，容易旺长易于倒伏。或芝麻品种病害严重，也会造成倒伏。外因主要是由于栽培和管理不善所引起的，如定苗过晚或水分过多，形成高脚苗；密度过大，田间的通透性差；种肥、追肥量过大，尤其是氮肥量过大，使得植株徒长，茎杆细软，高而不壮；在中后期茎杆充实度差，并结有大量蒴果，若大风天灌水或连续阴雨寡照，且风速过大，加之芝麻根系分布浅，固持力弱，均极易引起倒伏。此外，蛀茎虫害防治不及时，也是引起倒伏的原因。
为了防止倒伏，栽培上必须注意以下几点。
选择抗病虫和抗倒伏性强的芝麻品种。
精耕细作，加深耕作层，结合中耕高培土，创造芝麻根系发育的良好土壤环境，这是防止芝麻倒伏的根本措施。
合理密植，提高田间通透性，使个体发育健壮，茎粗腿低，高产不倒。早间苗，如果齐苗后成团苗未散开，就会造成幼茎过快地向上生长，浪费营养，而且植株瘦弱，扎根浅、抗性差，中后期易倒伏。芝麻出苗后应立即将成团的苗散开，不能让叶片相互碰着，3～4对真叶期间及时定苗。
增施有机肥和磷、钾肥，保持氮、磷营养的协调，防止施氮过多，引起植株旺长。
彻底防治病虫害，防止因病虫造成根系伤害和茎杆倒折。
应用植物生长调节剂，促根、蹲苗，控制芝麻营养体生长，降低始蒴部位。在芝麻1～2对真叶期喷施抑制型激素“多效唑”（宜早不宜迟），能抑制苗期营养生长，促进植株根系发育，使根系增多而且扎得深，降低腿高和结荚部位，避免头重脚轻，遇大风大雨而导致倒伏的可能。方法是亩用80克多效唑兑水50公斤喷雾。
芝麻初花后10～15天，亩用甲哌鎓4～5克喷雾，可抑制上部无效开花结蒴，控制顶端继续生长，减少上部无效蒴果竞争植株养分，增强有效蒴果养分供应源，达到蒴壮粒饱、增产的效果。
抗旱排涝，防止因雨涝造成芝麻徒长，切忌大水漫灌和风天灌水，造成倒伏。
