成熟棉花种子的种皮颜色为棕褐色或黑色，未成熟棉花种子的种皮颜色为红棕色或黄色，包衣棉花种子的种皮颜色则取决于具体使用的种衣剂种类。
一、棉花种子颜色
1、如果是成熟的棉花种子，种皮颜色为黑色或者是棕褐色，籽壳较硬。如果是未成熟的棉花种子，种皮颜色为红棕色或者是黄色，籽壳较软。如果是包衣棉籽，外观颜色取决于种衣剂。
2、每个棉铃一般为四瓣，每瓣中含有由胚珠发育而成的棉花种子，大约为7-11粒左右。棉花种子表面具有白色长棉毛和灰白色不易剥离的短棉毛，其中表面附有短绒的棉花种子为毛籽，表面无短绒的棉花种子为光籽，仅仅只有端部有短绒的棉花种子为端毛籽。
3、棉花种子呈梨形或卵圆形，一头大一头尖，其中尖端有子柄，也是珠孔遗迹所在的一端，而较宽的钝端为合点端（种脊连贯于子柄遗迹合点端之间）。
4、棉花籽壳内有胚（即籽仁），为棉花种子的主要部分，其含油量为35-45%，蛋白质含量为39%，棉酚含量为0.2-2%。
二、棉花花朵颜色
棉花的花为三日花，即每朵花开放三天左右（每天上午8点左右开放，下午3-4点左右关闭），其中第一天时为白色，第二天时为红色，第三天时为紫红色。
三、棉花原棉颜色
1、白棉：如果是正常成熟、吐絮的棉花，原棉一般为乳白色或淡白色。
2、黄棉：如果是生长晚期时，棉铃经霜冻损伤后枯死，铃壳上的色素染到纤维上，从而导致原棉发黄。
3、灰棉：如果是生长在多雨地区的棉花，在生长发育过程中一旦遭遇降雨量多、日照少、温度低等情况，就有可能原棉呈灰白色。
4、彩棉：彩棉是在有色棉基础上，应用远缘杂交、转基因等生物技术培育而成，天然具有色彩。
