常见的辣椒病害包括黑霉病、绵腐病、根腐病、褐斑病、链格孢黑斑病、红色炭疽病等。
黑霉病：发病初期，病部的颜色变浅，果面逐渐收缩，并出现黑色或绿黑色的绒状霉。
绵腐病：发病后幼苗的基部会腐烂、缢缩，环境潮湿时椒果的病部还会长出白霉。
根腐病：发病初期，植株的枝叶会在白天萎蔫，傍晚至翌日早晨恢复，反复数次后就会枯死。
一、黑霉病
1、发病症状
（1）首先从果顶或果面开始发病，发病初期病部的颜色会变浅，失去光泽，果面逐渐收缩，并出现黑色或绿黑色的茂密绒状霉。
（2）黑霉病常在果实接近成熟时（或成熟期）发生，湿度较大时，叶片也会受害。
2、防治方法
发病初期，喷施64％氢铜·福美锌可湿性粉剂1000倍液，或50％异菌脲 悬浮剂1500倍液，或50％腐霉利可湿性粉剂1000倍液＋70％代森锰锌可湿性粉剂800-1000倍液，间隔7天左右再喷1次。
二、绵腐病
1、发病症状
（1）发病后，幼苗的基部会腐烂、缢缩，病情严重时幼苗会死亡。
（2）成株期发病时，主要危害的对象一般为果实，发病后果实会腐烂，若环境较潮湿，则病部还会出现白霉，导致椒果失去食用价值。
2、发病规律
（1）适宜病菌生长的地温为15-16℃，适宜发病的地温为10℃。若温度超过30℃，则病菌的生长会受到抑制。
（2）气温比较低的时候不利于寄主的生长，但是病菌仍然能够活动，如果在育苗期遭遇低温天气，或者是空气的湿度比较高，则有利于发病。
3、防治方法
发病初期，喷施72%普力克水剂400倍液，每平方米面积喷施2-3升；或喷施15%恶霉灵水剂450倍液，每平方米面积喷施3升。
三、根腐病
1、发病症状
（1）发病后病部一般只会出现在根部、根茎部。发病初期，植株的枝叶会在白天萎蔫，但是傍晚至次日早晨可以自然恢复，如此反复数次之后植株便会枯死。
（2）病株的根颈部以及根部皮层出现腐烂，腐烂部呈淡褐色至深褐色，而且很容易剥离。剥离后，暗色的木质部会显露出来。
2、防治方法
发病前，用20%二氯异氰尿酸可溶性粉剂300-400倍液（或50%氯溴异氰尿酸可溶性粉剂1000倍液，或50%多宝可湿性粉剂1000倍液）进行灌根，每隔10天左右灌1次，连灌2-3次。
四、褐斑病
1、发病症状
（1）发病后，植株的叶片会出现病斑，病斑的形状呈圆形或近圆形，其颜色最初呈褐色，之后会逐渐变成灰褐色。病斑的表面会稍微隆起，中央有个浅灰色的中心，周围有黄色的晕圈。
（2）如果病情较严重，则叶片会变黄脱落。该病害还会发生在植株的茎部，症状与上述情况比较相似。
2、防治方法
发病初期，喷施1：1：200倍式波尔多液，或80%代森锰锌可湿性粉剂500-600倍液，或75%百菌清可湿性粉剂500-600倍液，或53.8%可杀得2000干悬浮剂1000倍液，每隔7-10天喷施1次，连喷2-3次。
五、链格孢黑斑病
1、发病症状
（1）发病后，病部会出现形状为不规则形、颜色为淡褐色的病斑，而且病斑稍微凹陷。1个椒果一般只会出现1个病斑，其直径大约为10-20毫米。
（2）病斑上出现黑色的霉层，即病菌的分生孢子和分生孢子梗。部分情况下，病斑即便可以愈合，但也还会产生更大的其他病斑。
（3）多在日灼处发病，发生情况和日灼病有关。病原体一般会在植株的病残体上越冬。
2、防治方法
发病初期，喷施75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或80%代森锰锌可湿性粉剂600-700倍液，或50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液。喷施代森锰锌时，为了防止锰离子超标，每个生长季节只能使用1次。
六、红色炭疽病
1、发病症状
（1）发病后，病部会出现颜色为黄褐色的病斑，病斑稍凹陷，一般呈水浸状，上面密生橙红色的小点，且略呈轮纹状排列。
（2）如果种植环境比较湿润，则病斑的表面还会产生粉红色的黏性物质。
2、防治方法
发病初期，喷施25%咪鲜胺乳油1000倍液，或80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液，或80%波尔多液可湿性粉剂400倍液，或25%溴菌腈可湿性粉剂500倍液，或50%施保功可湿性粉剂1000倍液，或70%丙森锌可湿性粉剂600倍液，每隔7-10天喷1次，连喷2-3次。
七、斑萎病毒病
1、发病症状
（1）发病后，植株黄化、矮小，叶片上出现褪绿线纹，或变成花叶，并伴有坏死病斑。
（2）植株的茎部出现坏死条纹，而且会向枝端开始扩散蔓延。椒果成熟后开始黄化，而且伴有同心环，或坏死条纹。
2、防治方法
发病初期，喷施5%菌毒清水剂400倍液，或10%混合脂肪酸铜水剂100倍液，或2%宁南霉素水剂500倍液，或75%菌毒·吗啉胍水剂500倍液，或20%盐酸吗啉胍可湿性粉剂500倍液，每隔10天喷1次，连喷2-3次。
